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A methodological framework to predict the individual and population‐level distributions from tracking data ArchiMer
Chambault, Philippine; Hattab, Tarek; Mouquet, Pascal; Bajjouk, Touria; Jean, Claire; Ballorain, Katia; Ciccione, Stéphane; Dalleau, Mayeul; Bourjea, Jerome.
Despite the large number of species distribution modelling (SDM) applications driven by tracking data, individual information is most of the time neglected and traditional SDM approaches commonly focus on predicting the potential distribution at the species or population‐level. By running classical SDMs (population approach) with mixed models including a random factor to account for the variability attributable to individual (individual approach), we propose an innovative five‐steps framework to predict the potential and individual‐level distributions of mobile species using GPS data collected from green turtles. Pseudo‐absences were randomly generated following an environmentally‐stratified procedure. A negative exponential dispersal kernel was...
Tipo: Text Palavras-chave: GPS tracking; Green turtles; Indian Ocean; Pseudo-absences; Shannon index; Spatial modelling.
Ano: 2021 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00682/79412/81963.pdf
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Approche multi-échelles de la cartographie des habitats benthiques des substrats meubles subtidaux : application à la frange côtière de Bretagne nord ArchiMer
Chevalier, Claire; Dutertre, Mickael; Hamon, Dominique; Ehrhold, Axel; Gentil, Franck; Thiebaut, Eric; Bajjouk, Touria.
Tipo: Text
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00281/39231/37791.pdf
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ATLAS des Résultats du traitement des images hyperspectrales et des données Lidar sur les plateformes récifales de La Réunion ArchiMer
Mouquet, Pascal; Bajjouk, Touria; Maurel, Laurence; Cebeillac, Alexandre; Le Goff, Ronan; Ropert, Michel.
Cet atlas présente les résultats de l'exploitation d’images hyperspectrales et de données Lidar à des fins de cartographie des plateformes récifales de la Réunion. Les méthodes mises en œuvres (traitement du signal, classification, démélangeage spectral, ...) ont permis de générer différents produits cartographiques à haute résolution parmi lesquels des images en réflectance et des fonds marins (jusqu'à des profondeurs supérieures à 30 m), un MNT bathymétrique haute résolution (40 cm) de la plate-forme récifale, des cartes de synthèse permettant d'appréhender qualitativement et quantitativement les taux de couverture en algues, sable, corail et herbier. En intégrant l'ensemble de ces informations, un indicateur surfacique, proxi de la "vitalité...
Tipo: Text
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00185/29653/28095.pdf
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CARHAMB’AR 2017. Cartographie des habitats marins benthiques : de l’acquisition à la restitution. 3ème édition ArchiMer
Bajjouk, Touria; Mahier, Marie; Piel, Steven; Populus, Jacques; Tourolle, Julie.
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00416/52777/53656.pdf
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CARHAMB'AR. CARtographie des HAbitats Marins Benthiques : de l'Acquisition à la Restitution. 2ème édition. 26‐28 mars 2013 ArchiMer
Bajjouk, Touria; Piel, Steven; Populus, Jacques; Watremez, Pierre.
Tipo: Text
Ano: 2013 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00464/57570/59758.pdf
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Cartographie des Herbiers de Zostères. Guide technique ArchiMer
Bajjouk, Touria; Cordier, Celine; Auby, Isabelle; Liabot, Pierre-olivier; Kerninon, Fanny; Le Bouffant, Naig; Trut, Gilles; Oger-jeanneret, Helene.
Les phanérogames marines sont devenues ces dernières années des "espèces phares". Habitat à forte valeur écologique et patrimoniale, les herbiers bénéficient de mesures de gestion et de protection à différentes échelles : locale, nationale et internationale. Il y a donc un contexte favorable pour que les connaissances sur les herbiers progressent et que leur dynamique spatio-temporelle soit surveillée à une échelle globale. Depuis quelques années, et en lien avec les exigences des directives européennes, les phanérogames marines ont servi de support pour le développement et la valorisation des outils et techniques de télédétection pour la planification d'une gestion et d’une stratégie de surveillance efficace. En France, les méthodes pour évaluer les...
Tipo: Text
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00514/62528/66891.pdf
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Cartographie prédictive du champ de Laminaires du plateau Molénais sur la base des données physiques et biologiques. Recueil des données acoustiques, biologiques et sédimentaires nouvellement acquises depuis septembre 2010 ArchiMer
Ehrhold, Axel; Bajjouk, Touria; Populus, Jacques; Cordier, Celine; Gorman, Daniel; Gaffet, Jean-dominique; Caisey, Xavier.
Tipo: Text
Ano: 2011 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00281/39176/37737.pdf
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Cartographie prédictive du champ de laminaires du plateau Molène sur la base des données physiques et biologiques ArchiMer
Bajjouk, Touria; Rochette, Sebastien; Ehrhold, Axel; Cordier, Celine; Laurans, Martial; Tourolle, Julie; Hamdi, Anouar; Tourolle, Julie; Gaffet, Jean-dominique; Caisey, Xavier; Vasquez, Mickael; Populus, Jacques.
Tipo: Text
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00280/39159/37722.pdf
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Classification EUNIS, Système d’information européen sur la nature : Traduction française des habitats benthiques des Régions Atlantique et Méditerranée. Vol. 1. Habitats Littoraux ArchiMer
Bajjouk, Touria; Guillaumont, Brigitte; Michez, Noemie; Thouin, Benoît; Croguennec, Chantal; Populus, Jacques; Louvel-glaser, Justine; Gaudillat, Vincent; Chevalier, Claire; Tourolle, Julie; Hamon, Dominique.
Ce document est une traduction française que l’on espère transcrire au mieux les descriptions d’habitats de la classification EUNIS. Il vient compléter la traduction en français des habitats terrestres et d’eau douce réalisée par le MNHN‐SPN (Louvel et al., 2013). Il a pour objectif de faciliter l’appropriation de cette typologie par les acteurs concernés (scientifiques, gestionnaires ou bureaux d’études) et favoriser les échanges de connaissance sur la biodiversité des habitats benthiques en cohérence avec ce standard. Il s’agit dans ce document du dictionnaire de la typologie EUNIS dans sa version 2007, revue en 2012 pour des modifications des codes de la classification paléarctique et ceux de la classification des habitats marins de la Grande Bretagne....
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00271/38222/36382.pdf
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Classification EUNIS, Système d’information européen sur la nature : Traduction française des habitats benthiques des Régions Atlantique et Méditerranée. Vol. 2. Habitats subtidaux & complexes d’habitats ArchiMer
Bajjouk, Touria; Guillaumont, Brigitte; Michez, Noemie; Thouin, Benoît; Croguennec, Chantal; Populus, Jacques; Louvel-glaser, Justine; Gaudillat, Vincent; Chevalier, Claire; Tourolle, Julie; Hamon, Dominique.
Ce document est une traduction française que l’on espère transcrire au mieux les descriptions d’habitats de la classification EUNIS. Il vient compléter la traduction en français des habitats terrestres et d’eau douce réalisée par le MNHN‐SPN (Louvel et al., 2013). Il a pour objectif de faciliter l’appropriation de cette typologie par les acteurs concernés (scientifiques, gestionnaires ou bureaux d’études) et favoriser les échanges de connaissance sur la biodiversité des habitats benthiques en cohérence avec ce standard. Il s’agit dans ce document du dictionnaire de la typologie EUNIS dans sa version 2007, revue en 2012 pour des modifications des codes de la classification paléarctique et ceux de la classification des habitats marins de la Grande Bretagne....
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00271/38223/36383.pdf
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Forêts de laminaires à Molène : approches multi-échelles des fonds rocheux de l’archipel ArchiMer
Ehrhold, Axel; Bajjouk, Touria; Cordier, Celine; Le Nilliot, Philippe; Hamdi, Anouar; Drussel, Benjamin; Guerin, Charline; Le Gall, Bernard; Populus, Jacques.
Tipo: Text Palavras-chave: Habitat; Laminaires; Systèmes acoustiques; Lidar; Géomorphologie; MNT.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00281/39230/37790.pdf
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Hyperspectral and Lidar: Complementary Tools to Identify Benthic Features and Assess the Ecological Status of Sabellaria alveolata Reefs ArchiMer
Bajjouk, Touria; Jauzein, Cecile; Drumetz, Lucas; Dalla Mura, Mauro; Duval, Audrey; Dubois, Stanislas.
Sabellaria alveolata is a sedentary gregarious tube-building species widely distributed from southwest Scotland to Morocco. This species builds what are currently considered the largest European biogenic reefs in the bay of Mont-Saint-Michel (France). As an ecosystem engineer, S. alveolata generates small to large scale topographic complexity, creating numerous spatial and trophic niches for other species to colonize. Sabellaria reefs are also under anthropogenic pressures, leading locally to massive degradation. However, stakeholders lack spatially explicit measures of reef ecological status, at adapted spatial resolution to provide key management information for this protected habitat. Traditional field surveys are extremely time-consuming and rely on...
Tipo: Text Palavras-chave: Benthic habitats; Biogenic reefs; Ecological status; Hyperspectral; Intertidal; Lidar; Mapping.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00654/76574/77710.pdf
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HYSCORES : Cartographies hyperspectrales appliquées aux écosystèmes coralliens et à leur état de santé. ArchiMer
Ropert, Michel; Mouquet, Pascal; Bajjouk, Touria; Delacourt, Christophe.
En 2013, les résultats des travaux menés dans le cadre des projets "Spectrhabent-OI" (2009-2012), étendus au projet "Bioindication" (2012-2013) ont permis d'illustrer le potentiel important représenté par les nouvelles techniques d'imagerie aérienne hyperspectrale appliquées sur les plateformes récifales de l'île de La Réunion. L'objectif principal du projet HYSCORES (2015-2016) est de consolider ces premiers résultats dans une perspective de mise en œuvre opérationnelle de ces nouvelles méthodes dans le cadre de la DCE (directive-cadre européenne sur l’eau (2000/60/CE)). Pour cela 3 axes de recherche sont proposés : 1) l’étude et l'évaluation de la pertinence de l'indicateur VCH (vitalité corallienne hyperspectrale) proposé en 2012 ; 2) la capacité de...
Tipo: Text Palavras-chave: Océan Indien; La Réunion; Récifs coralliens; Télédétection; Hyperspectral; Imagerie; Cartographie; Indicateur; Vitalité corallienne; Recouvrements; Algue; Corail; Sable; Herbier.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00350/46122/45820.pdf
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HYSCORES : Cartographies hyperspectrales appliquées aux écosystèmes coralliens et à leur état de santé. Rapport intermédiaire de fin de campagne d'acquisition ArchiMer
Mouquet, Pascal; Ropert, Michel; Bajjouk, Touria; Delacourt, Christophe.
En 2013, les résultats des travaux menés dans le cadre des projets "Spectrhabent-OI" (2009-2012), étendus au projet "Bioindication" (2012-2013) ont permis d'illustrer le potentiel important représenté par les nouvelles techniques d'imagerie aérienne hyperspectrale appliquées sur les plateformes récifales de l'île de La réunion. Au-delà de l'apport de l'hyperspectral dans une dimension descriptive, il a été montré que la combinaison d'indices de couverture algale et corallienne permettait d'envisager l’élaboration d’un indice surfacique d'état, adapté aux plateformes récifales, appelé "vitalité corallienne hyperspectrale" (VCH). L'objectif principal du projet HYSCORES (2015-2016) est de consolider ces premiers résultats tout en évaluant les possibilités de...
Tipo: Text Palavras-chave: Océan Indien; La Réunion; Récifs coralliens; Hyperspectral; Imagerie; Cartographie; Indicateur; Vitalité corallienne; Recouvrements; Algues; Corail; Sable; Herbiers.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00320/43144/42694.pdf
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Les fonds marins de Bretagne, un patrimoine remarquable : connaître pour mieux agir ArchiMer
Bajjouk, Touria; Duchene, Julie; Guillaumont, Brigitte; Maud, Bernard; Blanchard, Michel; Derrien-courtel, Sandrine; Dubois, Stanislas; Grall, Jacques; Hamon, Dominique; Hily, Christian; Le Gal, Aodren; Rigolet, Carine; Rossi, Nadège; Ledard, Michel.
Depuis la fin des années 90, les besoins de connaissance et de suivi de la biodiversité marine se sont accrus sensiblement. Les attentes sont motivées par la nécessité de mieux évaluer aussi bien l’impact du changement climatique que celui des activités anthropiques. Fortement convoitées, la faune et la flore benthiques sont en effet soumises à de multiples perturbations générées par les activités humaines, soit physiquement (effets de la pêche aux engins traînants, extractions de granulats, conchyliculture, etc.), soit résultant de pollutions chroniques (rejets urbains, industriels et agricoles) ou d’apports accidentels (pollutions pétrolières, introduction d'espèces exogènes). Il s’agit également de contribuer aux mesures de gestion ou de protection des...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00311/42243/41811.pdf
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Projet Bio indication à La Réunion. Contribution au développement d’indicateurs adaptés aux platiers récifaux de La Réunion. Rapport final 2012 ArchiMer
Le Goff, Ronan; Ropert, Michel; Bajjouk, Touria; Bein, Aymeric; Cambert, Harold; Cebeillac, Alexandre; Cuet, Pascale; Delacourt, Christophe; Duval, Magali; Maurel, Laurence; Mouquet, Pascal; Nicet, Jean Benoit; Populus, Jacques; Quod, Jean-pascal; Talec, Pascal; Turquet, Jean; Vermenot, Coralie; Zubia, Mayalen.
Le présent document est le rapport final du projet "Bio-Indication à la Réunion ; contribution à la définition d’indicateurs adaptés aux platiers récifaux de la Réunion". Ce projet comprend deux volets : Volet 1 : définition d’indicateurs d’enrichissement en nutriments (dystrophie) adaptés aux platiers récifaux réunionnais. Une importante phase d’acquisition de données de terrain portant sur les algues, les cyanobactéries, le corail, la faune associée et les caractéristiques hydrologiques des différents secteurs retenus a été menée entre fin 2010 et fin 2011 sur une année hydrologique complète afin d’essayer de bâtir des indicateurs d’état DCE adaptés aux masses d’eau récifales de la Réunion, et plus précisément des indicateurs de dystrophie. Ce volet...
Tipo: Text Palavras-chave: Habitats benthiques des platiers récifaux réunionnais; Indicateurs d’enrichissement en nutriments ou de dystrophie; Algues; Corail; Cartographie; Zone intertropicale; La Réunion; Océan Indien; DCE.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00209/32022/30459.pdf
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Projet Bio indication à La Réunion : contribution au développement d’indicateurs récifs coralliens à La Réunion - Rapport intermédiaire - Convention 2010 - Action 17 ArchiMer
Le Goff, Ronan; Ropert, Michel; Scolan, Pierre; Bajjouk, Touria; Liabot, Pierre Olivier; Mouquet, Pascal; Zubia, Mayalen; Cambert, Harold; Quod, Jean-pascal; Turquet, Jean.
Le présent document présente les travaux réalisés en 2010 dans le cadre du projet « Bio Indication à La Réunion ; contribution à la définition d’indicateur récifs coralliens à La Réunion ». Suite à la récupération et à l’analyse des données « milieu marin » déjà disponibles à La Réunion et aux premiers travaux des groupes d’experts thématiques créés dans le cadre de la mise en place de la DCE, il est apparu que les indicateurs d’état faisant le plus cruellement défaut localement étaient ceux permettant de suivre et qualifier les niveaux dystrophie se traduisant par des développements de macro algues en zone lagonaire. Décision a donc été prise de remanier profondément le projet initial ou plus précisément ses deux premiers volets « eutrophisation » et «...
Tipo: Text
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00036/14741/12049.pdf
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Rapport final du projet CHAMILA (Cartographie des habitats en milieu lagunaire méditerranéen) ArchiMer
Menu, Marion; Vaz, Sandrine; Bajjouk, Touria; Derolez, Valerie; Fiandrino, Annie; Giraud, Anais; Grillas, Patrick; Ouisse, Vincent.
Coastal Mediterranean lagoons are often defined as homogeneous ecosystems that home many migratory and sedentary species. They also host strong salinity gradients, depth variation and very diverse plant communities, which create small-scale heterogeneity within lagoons. This is why each lagoon must be described as an entity by itself made up of a multitude of homogeneous features, called habitats, which support specific ecological functions for organisms (nursery, feeding, protection against predators...). Although many studies have resulted in collecting high numbers of physical, chemical and biological data in coastal Mediterranean lagoons, there is currently a lack of knowledge of the spatial distribution of these habitats. In our project, we (1)...
Tipo: Text Palavras-chave: Habitat; Cartographie; Typologie; Lagune méditerranéenne; Habitat; Map; Typology; Mediterranean lagoons.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00593/70545/73353.pdf
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REBENT - Atlas de cartes d'habitats historiques - Réseau Benthique. Edition 2011 ArchiMer
Croguennec, Chantal; Guillaumont, Brigitte; Bajjouk, Touria; Hily, Christian; Gentil, Franck.
Ce document présente un atlas relativement exhaustif de cartes d’habitats concernant les façades Manche et Atlantique du littoral français : cartes historiques de peuplements benthiques à diverses échelles et de végétation marine à des échelles variant entre 1/5000 et 1/20000. Ces différentes cartes sont présentées telles qu’elles ont été publiées par leurs auteurs respectifs et aussi, dans le cas des cartes à petite échelle, en typologie européenne normalisée EUNIS1 (Version 200410). Toutes ces cartes sont disponibles sur le site Web Rebent http://www.rebent.org/ En effet, dans le cadre du projet Rebent, une compilation a permis de recenser des cartographies qui, pour la plupart, résultent de campagnes de prospection réalisées dans les années 60-70....
Tipo: Text
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00271/38229/36389.pdf
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Référentiel Habitats Benthiques. Contribution à la mise à jour d’EUNIS. Région Atlantique ArchiMer
Bajjouk, Touria; Tourolle, Julie; Menot, Lenaick.
A l’échelle de l’Europe, la typologie EUNIS tend à s’étendre pour prendre en compte progressivement l’ensemble des habitats européens avec une grande finesse de définition. Conçue initialement à partir des données et de l’expérience britannique, cette typologie est parfois incomplète, notamment pour certaines zones biogéographiques comme la zone atlantique qui s’étend des côtes françaises jusqu’au Portugal. Le présent document est une synthèse de l’ensemble des fiches descriptives élaborées jusqu’à present, sur la base d’observations et des données collectées lors des campagnes Ifremer. L’objectif est  de favoriser, dans le processus de mise à jour d’EUNIS, la prise en compte des habitats manquants ou decrits de manière incomplète au regard des...
Tipo: Text
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00605/71717/70180.pdf
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